Вся масса археологических материалов Музейного комплекса насчитывает 11 тысяч единиц хранения, представлено 40 коллекций по местам раскопок. Самые ранние находки относятся к эпохе мезолита 8 тысяч лет назад; поздние находки уже тесно связаны с бытованием коренного населения ханты в Салымском крае – от эпохи раннего Средневековья вплоть до наших дней.
В разряд уникальных уже прочно вошло «городище Каюково 2». Каменный и керамический инвентарь с однослойного памятника эпохи позднего неолита служит неопровержимым свидетельством заселения Югры ещё в каменном веке. Учёные выявили сходные черты поселенцев с раннеземледельческими культурами Передней Азии и Причерноморья. Масштаб неолитических миграций древнего населения при этом просто поражает.
Следующим феноменом служит коллекция реставрированных сосудов. Из развалов керамических сосудов, найденных в разных поселениях Салымского края, усилиями реставраторов была воссоздана коллекция кулайской культуры раннего железного века. В предметном ряде зафиксированы все три периода кулайской орнаментальной традиции, доминировавшей на территории Древней Югры с VI века до нашей эры по III век нашей эры. Особый интерес вызывает сосуд на поддоне, представляющий собой керамическую имитацию бронзовых котлов, уже бытовавших у кулайцев в местах широкого распространения бронзовой металлургии и торговли.
Отдельно особый интерес представляют находки эпохи Средневековья из могильников Кинтусовского и Усть-Балыкского X-XV века. По содержимому захоронений несложно мысленно воспроизвести условия бытования древних жителей и идентифицировать их уже как народ ханты. К этому периоду практически в каждом поселении могли изготовить посуду из керамики, владели навыками металлургии и кузнечного дела, ткачеством, шитьём, прочими ремёслах, промыслами.
Салымское средневековье радикальным образом оживили находки на Святилище Соттем-те-ики и Могильнике Священная Кедровая Роща. Это оригинальная металлопластика из бронзы, железа и других металлов. Подвески, обереги, бусы, перстни и все разнообразие средневекового бытования.